Windows Mobile 2003 과 Windows Mobile 5.0 간의 파일 저장소 변화.

Windows Mobile 2003 이나 이전 버전이 실행되는 디바이스의 경우, 실행 가능한 애플리케이션과 파일을 저장할 수 있는 파일 시스템이 Ram에 저장된다. 또 Ram은 프로그램 메모리와 파일시스템으로 나뉘는데 어느 쪽에 얼마만큼의 메모리를 할당할지는 디바이스에서 결정한다.
사용자가 슬라이드로 메모리를 제어할 수 있는 화면이 있지만 실제는 디바이스에서 관리했다.

Windows Mobile 5.0 이후는 전혀 틀린 영역에 파일시스템을 저장한다. 파일 시스템이 플래쉬메모리에 위치하기 때문에 사용자가 더이상 슬라이드로 메모리를 제어할 수 없다.
게다가 더 큰 차이점은, 기존의 2003 버전에서는 Ram에 저장하기 때문에 메모리에 항상 약한 일정 전류가 흘렀어야 했다. 배터리가 완전 방전되면 초기화 되어서 사용자가 다시 프로그램들을 설치해 주어야 하느 불편함이 있었고 이는 산업용 PDA에서는 큰 약점이었다. 하지만 5.0 으로 업그레이드 되면서는 플래쉬메모리에 파일 시스템을 저장하기 때문에 이러한 불편함이 사라졌다.

이러한 플래쉬 메모리에 파일 시스템을 올린뒤 또 다른 문제가 생겼는데,
플래쉬메모리에 작업을 한다는 것은 HDD에 작업을 하는것 보다는 빠르지만 Ram 보다는 많이 느리다. 기존의 Application 개발자들은 프로그램의 퍼포먼스에 대해서 더욱 신경을 써야 한다. 게다가 플래쉬 메모리는 같은 위치에 계속 write 작업을 하면 수명이 짧아지기 때문에 파일 시스템 드라이버는 계속 다른 위치에 write 작업을 하게 된다. 시간이 지날수록 메모리의 여유공간은 줄어들게 되고 드라이버는 이 공간을 찾는 작업을 계속 하기 때문에 갈수록 성능이 떨어지게 되는 단점(최고 70배의 차이.)이 있다. 따라서 플래쉬 메모리의 성능을 끌어올리기 위해서는 저장소 공간을 여유있게 유지해야 한다.